Η χειρουργική προσπέλαση φαίνεται να έχει νόημα επίσης στις σοβαρές περιπτώσεις πολυκυστικών ωοθηκών που δεν ανταποκρίνονται στη φαρμακευτική αγωγή. Οι ασθενείς αυτές μπορούν να ευεργετηθούν από τη διενέργεια 5-10 οπών με διαθερμία στην επιφάνεια της ωοθήκης, μια επέμβαση που ονομάζεται ovarian drilling. Οι ασθενείς αυτές κατά ένα ποσοστό 80% βλέπουν κανονικά περίοδο κάθε μήνα, ενώ προηγουμένως υπέφεραν από αμηνόρροια, δηλαδή κάνουν κανονικά ωορρηξία κάθε μήνα και ελλείψει κάποιου άλλου παράγοντα που τους περιορίζει συλλαμβάνουν κατά 85-90% τους πρώτους έξι μήνες που ακολουθεί το χειρουργείο.