Το πρωτόκολλο του ανταγωνιστή ξεκινά με διέγερση την δεύτερη μέρα του κύκλου, διενεργείται υπέρηχος και μέτρηση στο αίμα της οιστραδιόλης και της LH και αποφασίζεται με βάση τις τιμές η ταυτόχρονη χορήγηση ανταγωνιστή για να αποφευχθεί η πρώιμη ωορρηξία. Η ωοληψία λαμβάνει χώρα συνήθως την 12η με 14η ημέρα. Το πρωτοκόλλο ανταγωνιστή είναι πιο φιλικό για την ασθενή, απλό, κρατά λίγο και παρουσιάζει μικρότερο κίνδυνο για υπερδιέγερση. Το μοναδικό ίσως μειονέκτημα για το πρωτοκόλλο ανταγωνιστή, είναι ότι σε συγκεκριμένες κατηγορίες ασθενών όπως αυτές με ιστορικό ενδομητρίωσης παρουσιάζει ελαφρά χαμηλότερα ποσοστά επιτυχίας.