Οι στόχοι της χειρουργικής αντιμετώπισης της ενδομητρίωσης είναι
-Περιορισμός της νόσου και αύξηση κατ αυτόν τον τρόπο της γονιμότητας
-Ύφεση του πόνου που σχετίζεται με την ενδομητρίωση
-Διόρθωση των μηχανικών προβλημάτων που σχετίζονται με το πρόβλημα
-Απομάκρυνση των ενδομητριωμάτων, των σοκολατοειδών κύστεων δηλαδή, με ιδιαίτερη προσπάθεια όμως να μην πληγεί η υπόλοιπη και ιδιαίτερα πολύτιμη υγιής ωοθήκη.