Στα ανατομικά αίτια που προδιαθέτουν σε καθ’ έξιν αποβολές συγκαταλέγονται οι συγγενείς ανωμαλίες της μήτρας όπως η δίδελφυς (didelphys ) και η μονόκερως μήτρα, τα ινομυώματα και σπανιότερα οι ενδομητρικές συμφύσεις, καθώς αυτές συνοδεύονται συχνότερα με ενδομητρίτιδα.
Επιπλέον, στα ανατομικά αίτια συγκαταλέγεται και η ανεπάρκεια τραχήλου. Ο τράχηλος είναι το ανατομικό όριο ανάμεσα στον κόλπο και τη μήτρα και συχνά τον περιγράφω ως την «πόρτα» που συγκρατεί την εγκυμοσύνη στο εσωτερικό της. Ο τράχηλος, πολλές φορές από κατασκευής του ή τις περισσότερες φορές από προηγηθείσα επέμβαση στη μήτρα (π.χ απόξεση) παρουσιάζει δυσλειτουργία και «ανοίγει» εύκολα. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε αθόρυβη απώλεια της κύησης και αποβολή στο δεύτερο τρίμηνο. Προλαμβάνεται με τακτική υπερηχογραφική παρακολούθηση του μήκους του και μία χειρουργική επέμβαση που ονομάζεται περίδεση (Cervical Cerclage στα γαλλικα), τοποθέτηση δηλαδή ενός ράμματος πέριξ του τραχήλου με σκοπό να συγκρατείται κλειστός καθ’ όλη τη διάρκεια της κύησης.